紫花苜蓿常见病害有霜霉病、锈病、褐班病等，虫害有蚜虫、浮尘子、盲蝽象、金龟子等。以防为主，选抗病虫害品种可有效降低害虫密度和减少病原菌侵染，减少或避免使用农药。同时对紫花苜蓿品种合理布局，防止病虫害蔓延和流行，避免同一品种在同一地区较大规模种植。在引进紫花苜蓿种子时，严把种子检疫关，谨防危险性病虫害传入。在发病前期及时喷洒有效药物防治，并加施新高脂膜巩固提高防治效果，一旦发现病虫害露头，立即刈割晒制干草。做好冬季病虫害防治，搞好秋冬季灭茬，喷施护树大将军消毒灭菌，既能大量消灭的病虫害原体，减少次年初侵染源，又能最大限度的减少次年的农药残留量。
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