基肥。以有机肥为主，混合根施通，配合氮、磷、钾复合肥。厩肥、堆肥或绿肥等基肥占总施肥量的1/3-1/2，磷、钾肥全部或大部分作为基肥，并与有机肥混合一起施入。
基肥撒施时结合深耕进行，撒施后反复耙2次，使肥料与土壤均匀混合。在肥料较少时，采用开沟集中条施，将肥料施在播种行内。
追肥。追肥以速效性氮肥为主，配合施用磷钾肥。追肥量一般占总施肥量的1/2-2/3。追肥时根据南瓜不同生育期所需氮、磷、钾量的不同进行。苗期追肥以氮肥为主，目的是促进秧苗发棵。结果期需氮量大，同时补充磷、钾肥，保证果实充分膨大。一般坐果后追肥1-2次。
在追肥时注意位置，苗期追肥靠近植株基部施用，进入结果期，追肥位置应逐渐向畦的两边移动，一般进行条施。在石灰性土壤上，氮肥应遵守深施覆土的原则，特别是碳酸氢铵，一定要深施约6厘米以上覆土，以免肥料挥发，降低肥效。
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