物理防治:发现病株，要立即拔掉销毁，以防蔓延。菌核在土壤中可存活数年，一般3年后活力大部丧失，采取向日葵与禾本科作物轮作换茬，能减轻发病，在生长期适时喷施新高脂膜，使植株表面形成一层保护膜，减少病虫害。
药剂防治:①用40%纹枯利800～1000倍液加新高脂膜，大大提高农药的有限成分率，在向日葵现蕾前或在盛花期，喷洒植物的下部和花盘背面1～2次，同时喷施壮穗灵，能强化农作物生理机能，提高授粉、授精、灌浆质量，增加千粒重。
滴灌防治:①利用滴灌控制水量。利用膜下滴灌调节供水量，避免了低洼积水现象，控制田间湿度，从而降低向日葵菌核病的发生。②利用滴灌进行随水施肥。膜下滴灌提高了作物抗病的能力，亦可做到适时适量，可省肥20%左右。膜下滴灌节水50%，减少深层渗漏，能较好地防止土壤次生盐碱化，喷施新高纸膜保肥保墒。（依风）
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